Mokėjimų žurnalo funkcionalumas yra analogiškas Bendrajam žurnalui. Skirtumas tik vienas - registruojant operacijas per Mokėjimų žurnalą, Pirkėjo ar Tiekėjo knygose šios operacijos bus nurodomos kaip Mokėjimas, o ne Bendrojo žurnalo operacija.
Bendrojo žurnalo funkcionalumas aprašytas čia.